|
|
Unipro UGENE: интегрированные инструменты биолога
|
UGENE — это свободное ПО для работы молекулярного биолога.
UGENE отлично работает на Windows, Mac OS, Linux и очень прост в установке и использовании.
Обладает русскоязычным интерфейсом.
|
Функциональность
|
|
|
Основные возможности
- Множественное выравнивание последовательностей на основе MUSCLE 3,4 и KAlign;
- Анализ с помощью скрытых марковских моделей, основанный на HMMER 2 и HMMER 3;
- Дизайн ПЦР-праймеров с помощью Primer 3;
- Предсказание вторичной структуры белков с помощью GOR IV и PSIPRED;
- Филогенетический анализ с помощью Phylip;
- Поиск сайтов рестрикции;
- Моделирование экспериментов генной инженерии;
- Сверхбыстрый поиск простых и тандемных повторов;
- Выравнивание ридов на референтную последовательность с помощью Bowtie;
- Сборка контигов с помощью CAP3;
- Анализ сайтов связывания транскрипционных факторов на основе SITECON;
- Поиск открытых рамок считывания;
- Обратная трансляция белков;
- Выравнивание последовательностей с помощью алгоритма Смита-Ватермана;
- Поддержка внешних инструментов: BLAST, ClustalW, MAFFT, T-Coffee;
- Обозреватель сборок — визуализатор данных в формате BAM.
|
Пользовательский интерфейс
- Простая и удобная работа с последовательностями;
- Визуализация хроматограмм;
- Редактор множественного выравнивания;
- Просмотр трехмерных моделей PDB и MMDB с поддержкой стерео-режима;
- Просмотр филогенетических деревьев;
- Конструктор вычислительных схем автоматизирующий процесс анализа;
- Поддержка сохранения изображений в векторные форматы для удобства публикации.
|
Высокопроизводительные вычисления
- Полная поддержка современных многоядерных процессоров;
- Встроенная поддержка вычислений на графических ускорителях;
- Вычисления на процессоре Cell Broadband Engine;
- Поддержка облачных вычислений: запуск вычислительных задач на Amazon EC2;
- Суперкомпьютерные и распределенные решения.
|
Взаимодействие с командой UGENE
- Наш продукт может быть использован для обучения в университетах и институтах;
- Новая функциональность разрабатывается по запросам пользователей;
- Команда готова к работе над совместными проектами, как открытыми, так и коммерческими.
|
Доступность
|
Unipro UGENE является свободным программным обеспечением, распространяемым по лицензии GNU GPL.
Установочные пакеты для различных операционных систем располагаются в разделе "Файлы".
С нами можно связаться для обсуждения возможного
сотрудничества.
|
|
|
