Релиз включает в себя один новый модуль и множество улучшений существующей функциональности:

• Визуальный анализ гомологов — модуль DotPlot .
• Поддержка формата SAM, а также импорт значений качества PHRED для последовательностей ДНК;
• Продвинутый анализ хроматограм: обратные и компмлементарные хроматограмы, синхронное отображение;
• Новые опции инструментов для сборки контигов: BowTie и UGENE Genome Aligner;
• Пакетный режим работы для анализа последовательностей, основанного на весовых матрицах;
• Новые сценарии для дизайнера вычислительных схем, еще больше возможностей для использования UGENE как утилиты командой строки.

Для загрузки последней версии UGENE посетите раздел "Файлы".

Следите за нашим проектом на канале YouTube и в Twitter!


2 Июня, 2010: Специальный выпуск UGENE подкаста

Смотрите специальный выпуск подкаста на канале Unipro UGENE!
Выпуск полностью посвящен новой версии 1.7.0.

Он состоит из двух эпизодов: первый и второй.
Освещаются следующие темы:

• Новые возможности Circluar View;
• Создание скриптов для задач распознования форматов;
• Сборка генома к референс-последовательности;
• Новые алгоритмы авто-аннотации.

Последнюю версию Unipro UGENE можно загрузить вот здесь.
Следите за нами на Твиттере!


19 мая 2010: Выпущен UGENE 1.7.0

В новый релиз включена долгожданная функциональность по сборке контигов. Начиная с этого релиза UGENE может осуществлять выравнивание коротких последовательностей на реферируемый геном. На данный момент доступны два метода выравнивания:

• Модуль Genome aligner, основанный на уникальной разработке;
• Портирован популярный открытый алгоритм Bowtie.

Сделано множество изменений в консольной версии UGENE. Теперь стало возможно использовать консольную версию UGENE в сложных скриптах shell или как отдельную утилиту. В поставке UGENE доступны заранее подготовленные полезные сценарии: выравнивание, конвертация, поиск повторов и.т.д. Подробнее об этом в разделе документации.

Другие новые возможности:

• Новый продвинутый алгоритм анализа последовательностей, основанный на весовых матрицах;
• Улучшения Circular view: увеличение, поворот и другие;
• Поддержка новых опций поиска в NCBI BLAST в переработанном модуле удалённых запросов.
• Лого выравниваний;
• Переработан просмотрщик деревьев: новый визуальный интерфейс и режимы отображения.
• Поддержка записи формата GFF;
• Добавлен скрипт фреймворк;
• и многое другое...

Для загрузки последней версии UGENE посетите раздел "Файлы".

Следите за нашим проектом на канале YouTube и в Twitter!


2 Апреля, 2010: Специальный эпизод UGENE-подкастов

Не пропустите новый специальный эпизод серии UGENE подкастов.

Он полностью посвящен версии 1.6.2 и новым возможностям, добавленным в ней.

Раскрываются следующие темы:

• Отображение последовательностей в кольцевом режиме;
• Новые возможности редактора множественных выравниваний;
• Обратная трансляция белковых последовательностей;
• Запуск удаленных схем Workflow Designer;
• Создание пользовательских баз ферментов рестрикций;
• Импорт аннотаций из файлов формата CSV.

Для загрузки последней версии UGENE посетите раздел "Файлы".


2 Апреля, 2010: UGENE на Твиттере

Следите за проектом Unipro UGENE на Твиттере!

Самые последние новости о проекте, текущий статус разработки, объявление новых подкастов и советы для наших пользователей.

Обновления гарантированы!


29 марта 2010: Выпущен UGENE 1.6.2

Команда UGENE с гордостью представляет очередной релиз - версию 1.6.2.

В этой версии увидят свет наиболее ожидаемые возможности: обратная трансляция белковых последовательностей и круговое изображение плазмид.

Пользователи ОС Linux могут воспользоваться новым универсальным инсталлятором, который не зависит от используемых менеджеров пакетов.

Новая функциональность и исправления:

• Новый модуль: Circular view;
• Модуль экспорта: добавлена функция обратной трансляции белков;
• Импорт аннотаций из файлов CSV;
• Редактор выравниваний: новые способы расчета консенсуса;
• Улучшение просмотрщика филогенетических деревьев: масштабирование, экспорт изображения в векторный формат;
• Конструктор схем: добавлена возможность вычисления схем на удаленной машине;
• Ферменты рестрикции: поддержка создания пользовательских баз в формате BAIROCH;
• И многое другое...

Для загрузки последней версии UGENE посетите раздел "Файлы".


25 Февраля, 2010: Стартовала серия обучающих видео по UGENE

Мы начинаем англоязычный видео-подкаст по UGENE на YouTube. В выпусках подкаста вы найдёте полезные обучающие видео по продукту и сможете ознакомиться с ответами на популярные вопросы пользователей (например, заданные на форуме UGENE).

Серия начинается с пяти видео-материалов, доступных на канале Unipro UGENE на YouTube. Их темами являются основа работы с последовательностями, аннотациями и квалификаторами и создание множественного выравнивания последовательностей.

Мы признательны за любые комментарии и предложения. Если вы хотите первыми и в высоком High Definition качестве знакомиться с выпусками подкаста о нашем биоинформационном инструменте, то кликните здесь, чтобы подписаться на RSS, или посетите страницу канала Unipro UGENE на YouTube и подпишитесь на канал с вашего аккаунта YouTube.

Также вы можете посмотреть все выпуски на нашей странице.


16 Февраля, 2010: Выпущен UGENE 1.6.1

Выпущена новая версия 1.6.1. Исправлен ряд критических ошибок и добавлены новые уникальные возможности.

Внимание! Перед уставновкой версии 1.6.1 рекомендуется деинсталлировать предыдущую версию UGENE.

Новые модули и возможности:

• KAlign: новый модуль для расчета множественного выравнивания, основанный на известном алгоритме; отличается высокой производительностью (работает даже быстрее чем MUSCLE!) и аккуратностью;
• Поддержка нового формата: GFF;
• Улучшение просмотрщика филогенетических деревьев: поддержка формата Newick;
• Модуль Phylip: поддержка опций при расчете матрицы дистанций;
• Поддержка прокси с аутентификацией.

Исправления:

• Алгоритм Смита-Ватермана работает корректно при вызове из графической оболочки;
• В модуле MUSCLE улучшено управление памятью;
• Исправлена ошибка с некорректным удалением документов из Project View;
• Улучшено распознавание форматов;
• и многое другое...

Для загрузки последней версии UGENE посетите раздел "Файлы".


22 Декабря, 2009: Выпущен UGENE 1.6.0

Выпущена долгожданная версия 1.6.0! Добавлены новые модули, реализовано много улучшений, исправлены ошибки.

Новые модули:

• Модуль Phylip для построения филогенетических деревьев. Основан на оригинальном пакете Phylip 3.6.

  • Использует алгоритм Neighbor Joining для построения деревьев;
  • Включены возможности по визуализации деревьев;
  • Интеграция с редактором множественных выравниваний.

• Поддержка распределенных вычислений в UGENE

  • Удаленное выполнение задач на сторонних комьютерах;
  • Запуск HMMER3, Smith-Waterman, MUSCLE на удаленных машинах.

Улучшения:

• Поиск тандемных повторов;
• Поддержка переносимости файла проекта;
• Экспорт проекта;
• Интеграция с удаленными базами данных: NCBI, PDB, Swiss Prot;
• Визуализация биополимеров: режим стерео просмотра;
• и многое, многое другое...

Для загрузки последней версии UGENE посетите раздел "Файлы".


06 октября 2009: Открыта русская версия сайта

Команда UGENE рада представить русскую версию нашего сайта. Добро пожаловать!


22 сентября 2009: Выпущен UGENE 1.5.2

Основные изменения в версии 1.5.2 — это новый функционал, большинство добавленных возможностей являются уникальными.

Новые модули:

• MUSCLE 4 - интеграция новейшего инструмента для множественного выравнивания, автор которого — Robert C. Edgar;
• Адаптер CUDA - технический модуль, позволяющий использовать для вычислений видеокарты с поддержкой CUDA (только для Windows).

• Пользователи Windows могут опробовать оптимизированный для CUDA алгоритм Смита-Ватермана;
• Добавлена одна из наиболее ожидаемых возможностей — редактирование последовательностей;
• Добавлена возможность экспорта аннотаций в CSV;
• HMM3 теперь поддерживает модели построенные с помощью HMM2;
• И многое другое. Полный список изменений доступен на соответствующей странице.

Мы рады сообщить о том, что пользователи компьютеров "Макинтош", основанных на процессоре Power, теперь могут пользоваться нашим продуктом "из коробки". Для этого нужно заглянуть на страницу "Файлы" и загрузить оттуда новый универсальный дистрибутив для Mac OS, который поддерживает как архитектуру x86, так и ppc.


17 июля 2009: Выпущен UGENE 1.5.1

UGENE v 1.5.1 исправляет ряд критических ошибок предыдущей версии и, в силу этого, рекомендуется к обязательной установке.

Перед установкой нового релиза необходимо полностью удалить все предыдущие версии программы.

Новые модули:

• BALL - добавляет новые типы молекулярных поверхностей в модуль просмотра трехмерных моделей UGENE;

• Добавлена возможность сохранения изображений множественного выравнивания и аннотированной последовательности (удобно для публикаций и печати);
• Исправлена критическая ошибка в congene;
• Исправлена критическая ошибка при попытке запуска HMM3 с моделями HMM2;
• Исправлена критическая ошибка при запуске нескольких задач Primer3 параллельно;
• Запрос к удаленным БД теперь стабилен на ОС Linux;
• Восстановлен пропавший алгоритм Смита-Ватермана;

Для загрузки последней версии UGENE посетите раздел "Файлы".

Как обычно, пакеты для Ubuntu появятся в течение нескольких следующих дней.


10 июля 2009: Выпущен UGENE 1.5

В долгожданную версию 1.5 входит четыре новых модуля и множество улучшений:

Новые модули:

• HMM3 - новейший набор инструментов для работы с HMM-профайлами основанный на HMMER3;
• Primer3 - интегрированный инструмент Primer3 для подбора ПЦР-праймеров;
• GOR IV и PSIPRED - модули предсказания вторичной структуры белков (документация уже доступна);
• congene - консольная версия UGENE, позволяющая запускать вычислительные схемы из командной строки;

• Значительное обновление модуля трехмерной визуализации — добавлен расчет молекулярных поверхностей (документация);
• Добавлена загрузка документов из баз данных PDB, Uniprot, Swissprot;
• Добавлена возможность создания нового документа;
• Улучшено редактирование аннотаций;
• Исправлены критические ошибки наведенные из Qt 4.5.0;
• В распараллеленный алгоритм MUSCLE внесены исправления, предотвращающие мертвую блокировку.

Для загрузки последней версии UGENE посетите раздел "Файлы".


21 мая 2009: Выпущен UGENE 1.4.2

Улучшения и исправления ошибок:

• Теперь редактор множественного выравнивания поддерживает операции "Отменить" и "Повторить";
• Исправлено поведение поиска по множественному выравниванию в случае разного регистра текста;
• Добавлены новые фильтры в поиск SITECON;
• Добавлена поддержка файлов CLUSTAL X;
• Алгоритм Смита-Ватермана теперь работает еще более точно;
• Исправлены ошибки параллельного вычисления в MUSCLE;
• Исправлены некоторые ошибки совместимости с Qt 4.5.0;
• А также множество других улучшений и исправлений.

Для загрузки последней версии UGENE посетите раздел "Файлы".

Бинарные пакеты для Ubuntu и Fedora будут обновлены на серверах этих проектов несколько позже.


13 мая 2009: UGENE представлен на конгрессе "Биотехнология 2009"

UGENE был представлен на пятом московском международном конгрессе "Биотехнология: состояние и перспективы развития и седьмой международной специализированной выставке "Biotech World' 2009".

Неделю спустя UGENE был представлен на конференции ПаВТ' 2009 ( сайт ) — международной конференции посвященной параллельным вычислениям. Конференция состоялась в Нижнем Новгороде.

Опубликованы следующие материалы:

Fursov, M. Y.; Oshchepkov, D. Y; Novikova, O. S. (2009). "UGENE: interactive computational schemes for genome analysis". Proceedings of the Fifth Moscow International Congress on Biotechnology 3: 14-15. ISBN 5-7237-0372-2.

Efremov, I. E.; Fursov, M. Y; Danilova, Yu. E. (2009). "UGENE: high performance genome analysis suite". Proceedings of the Fifth Moscow International Congress on Biotechnology 2: 405-406. ISBN 5-7237-0372-2.

Материалы конгресса: документ PDF.


7 мая 2009: UGENE стал частью Ubuntu Linux

UGENE стал частью недавно выпущенного дистрибутива Ubuntu Linux 9.04 (Jaunty Jackalope) .

Бинарные пакеты UGENE для нескольких поддерживаемых платформ доступны по ссылке. Отчеты об ошибках в пакетах можно публиковать используя Ubuntu LaunchPad

UGENE может быть установлен используя графический интерфейс менеджера пакетов, либо из консоли:

     sudo apt-get install ugene

Текущая версия, включенная в дистрибутив —1.3.3, версия 1.4.1 будет в скором времени доступна из backports.


25 марта 2009: Выпущен UGENE 1.4.1

Улучшения и исправления ошибок:

• Добавлена поддержка различных цветовых схем в редактор выравнивания;
• Добавлена блокировка камеры для нескольких трехмерных моделей;
• Просмотр последовательности оптимизирован для работы с гигантским количеством аннотаций (вплоть до 1 миллиона);
• Теперь аннотации могут быть подписаны как именем, так и значениями квалификаторов.
• Включен по умолчанию показ графиков качества хроматограммы для файлов ABIF;
• Исправлен ряд ошибок стабильности и совместимости в модулях BLAST, MUSCLE и HMMER;
• А также множество прочих улучшений и исправлений.

Для загрузки последней версии UGENE посетите раздел "Файлы".


24 марта 2009: Открыт форум UGENE

Теперь наши пользователи могут задавать вопросы, запрашивать новый функционал и сообщать об ошибках используя публичный форум.

Добро пожаловать!


10 марта 2009: Выпущен UGENE v1.4

В версию 1.4 добавлены четыре новых модуля и множество улучшений производительности и исправлений ошибок.

Новые модули: поиск ферментов рестрикции, полная поддержка алгоритма Смита-Ватермана, поиск повторов, а также экспорт последовательностей.

Значительные улучшения интерфейса претерпели конструктор схем, окно проекта и окно просмотра последовательности.

Большинство вычислительных алгоритмов теперь могут работать в параллельном режиме. Модуль HMMER оптимизирован с использованием SSE2.

Модуль просмотра трехмерных моделей получил возможность экспорта изображений в векторный формат.
...

Полный список изменений может быть найден по ссылке.


02 февраля 2009: Выпущен UGENE v1.3.3

Улучшения и исправления ошибок:

• Исправлена наведенная из Qt 4.4 ошибка отображения трехмерных моделей на ОС Linux;
• Исправлена ошибка именования групп в случае вложенных групп;
• Форматы ABI и SCF теперь поддерживаются более полно;
• Отныне в именах аннотаций допускается использование символа 'z';
• Улучшена производительность отображения дерева аннотаций;
• Исправлен выбор региона для алгоритма SITECON;
• Исправлена критическая ошибка в конструкторе схем при запуске нескольких итераций;
• Теперь для коротких строк не содержащих символов 'U' и 'T' по умолчанию выбирается алфавит DNA вместо RNA;
• Теперь для форматов Genbank и FASTA допускаются символы табуляции;
• Бинарный пакет UGENE для дистрибутива Ubuntu разбит на две части в силу требований к пакетам попадающим в официальный репозиторий.

Улучшения и исправления ошибок:

• Исправлена ошибка не позволявшая открывать несколько окон на 64-битных системах;
• Исправлено аварийное завершение программы при открытии нескольких трехмерных моделей в одном окне;
• Исправлено аварийное завершение при открытии файла ABI с коротким именем сэмпла;
• Добавлен пункт меню "Проверить обновления";
• Исправлено аварийное завершение при выборе комплементарного стренда для протеиновых последовательностей в диалоге "Поиск подстрок";
• Исправлено ассоциирование объекта хроматограммы для форматов ABI и SCF;
• Исправлено автоопределение таблицы трансляции для формата PDB;
• Улучшен внешний вид надписей на ОС Linux и Mac OS;
• Улучшено поведение операции "Добавить объект в окно".

В версии 1.3.1 исправлен ряд ошибок найденных с момента выпуска предыдущей версии, а также внесены следующие изменения:

• Улучшено управление задачами и их описания в конструкторе схем;
• Улучшения интеграции MUSCLE: добавлены три конфигурации для выравнивания единичного профиля, выравнивания с другим выравниванием и быстрое выравнивание профиля с одной последовательностью.
• Исправлены ошибки сборки для 64-битных платформ;
• Улучшено логгирование большинства операций.
• Добавлена поддержка экспорта трехмерных изображений в форматы 'png', 'jpg' и 'tiff'.

Unipro UGENE v1.3 is является следующим минорным релизом продукта.
В новую версию включены три новых модуляBioStruct 3D, SITECON, и Workflow Designer, а также множество улучшений интерфейса и производительности для всех составляющих системы. Впервые выпускается пакет исходных кодов для всех поддерживаемых платформ.

Полный список изменений может быть найден по ссылке.


25 ноября 2008: Выпущен UGENE v1.2.2, теперь и для Linux

UGENE v1.2.2 является первым выпуском системы UGENE, включающим пакеты для Linux.
Мы выпускаем готовые пакеты для дистрибутива Fedora для платформ IA32 и IBM Cell.

Изменения в новой версии:
Оптимизация для процессора Cell внедрена в модуль HMMER.
Исправлено аварийное завершение программы при использовании модуля "Remote Request" с открытым окном задач.


31 октября 2008: Выпущен UGENE v1.2.1

UGENE v1.2.1 исправляет ошибки предыдущей версии. Новый релиз включает исправления ошибок стабильности и совместимости.
Из значительных улучшений — исправлено поведение модуля HMMER при параллельном запуске нескольких задач.


20 октября 2008: Команда UGENE приняла участие в конференции "Молекулярная онкология".

Постерная и компьютерная демонстрации "New multitasking software system for real-time analysis of genomic sequences" посвященные использованию UGENE и перспективам проекта были показаны на конференции "Молекулярная онкология".

Конференция была организована в Новосибирске Сибирским отделением РАМН. Сайт конференции.


September 19, 2008: Выпущен UGENE v1.2.0

Unipro UGENE v1.2 является следующим минорным релизом продукта.
Новая версия влючает несколько новых модулей, поддержку платформы MacOS X и множество улучшений производительности и интерфейса.

Полный список изменений может быть найден по ссылке.


August 19, 2008: Выпущен UGENE v1.1.1

Цель релиза UGENE v1.1.1 — исправление ошибок. Новая версия включает ряд улучшений производительности, стабильности и совместимости выявленных с момент выпуска 1.1.0 в июле этого года.


22 июля 2008: Унипро выпускает UGENE v1.1
В новую версию интегрирован пакет HMMER, внедрена прозрачная поддержка сжатых документов и добавлено множестве улучшений интерфейса и производительности.

Полный список изменений может быть найден по ссылке.


23 июня 2008: Конференция BGRS 2008

Команда Unipro UGENE приняла участие в "Шестой Международной Конференции по Биоинформатике Регуляции и Структуры Генома" (BGRS'2008) с компьютерной демонстрацией в секции "Высокопроизводительные вычисления в биоинформатике".


17 июня 2008:Выпущена первая версия Unipro UGENE

Мы рады объявить о выпуске первой версии проекта Unipro uGENE для операционных систем Solaris и Windows.
Соответствующий пакет может быть выбран в разделе "Файлы".