Подключаемый модуль BioStruct3DViewМодуль BioStruct3DView является программным компонентом визуализации молекулярной структуры блеков и ДНК. ОбзорМодуль Biostruct3DView служит для визуализации биологических макромолекулярных трёхмерных структур (ДНК, РНК и белков). Для запуска программного компонента вам потребуется файл, содержащий данный трёхмерной структуры. Unipro UGENE v1.4 поддерживает следующие форматы:
Возможности Компонента визуализации:Основы использованияОткрытие файла PDB или MMDB ASN.1 автоматически повлечёт за собой запуск компонента BioStruct3DView. Двойной клик по объекту, связанному с файлом PDB (3D модели, последовательности или аннотации) также приведёт к запуску компонента визуализации. Вы можете загрузить удалённую молекулу PDB, воспользовавшись меню Файл->Загрузить молекулу PDB Вы можете вращать трёхмерную модель, используя левую кнопку мыши, и масштабировать представление с помощью колеса мыши. Также вы можете управлять моделью с помощью кнопок Приблизить, Отдалить и Восстановить начальные координаты на панели инструментов. С помощью меню Ссылки панели инструментов вы можете получить допольнительную информацию о структуре прямо из Сети. Это настраиваемое меню, более подробные сведения ищите в файле 'BioStruct3DLinks.txt' из директории UGENE data/biostruct3d_plugin. В верхней части нижеследующего изображения можно увидеть компонент визуализации BioStruct3DViewer. Меню Изображение включает в себя такие опции как цветовая схема, цвет фона, экспорт изображения и анимация вращения модели. Вы также можете вызвать меню Изображение в качестве контекстного, кликнув правой кнопкой мышки в области отрисовки модели.
 Вы можете экспортировать текущее изображение трёхмерного представления в файл одного из поддерживаемых форматов: SVG, PostScript, PNG, JPEG. Управляйте изображением с помощью элементов управления и команды Изображение->Выбрать цвет фона. Когда вы выбираете часть последовательности (удерживая кнопку мыши и перемещая указатель или с помощью контекстного меню Селектировать->Регион последовательности) или какую-либо аннотацию в окне визуализации последовательности,
выборка автоматически будет выделена также и в области трёхмерного представления модели. Например, на рисунке ниже вы можете видеть выделение жёлтым цветом выборки региона 1-54. Также вы можете добавить ваши собственные аннотации.
 Представления и модели Некоторые трёхмерные представления могут быть добавлены в окно отрисовки с помощью диалогового окна 'Добавить' панели инструментов или перетаскиванием из древовидного представления проекта. Все представления будут отрисованы независмо.
 Когда у структуры есть множество моделей, вы можете перемещаться между ними с помощью меню Изображение->Модели. Вы можете нарисовать их все одновременно, используя команду Модели->Все модели.
 С помощью BioStruct3D также возможно вычислить и визуализировать молекулярную поверхность. Это можно сделать, используя меню Изображение->Молекулярная поверхность . В данный момент поддерживается поверхность Ван-дер-Ваальса, однако в планах поддержка и других типов поверхности в будущих релизах.
 Ожидаемый функционалВ ближайших релизах планируются реалзиовать следующие функции:- Поиск активных сайтов и лиганд - Поддержка бинарного формата NCBI MMDB В дальнейших планах:
|
