Все выпуски подкаста
Подкаст UGENE — это серия обучающих англоязычных видеоматериалов о нашем продукте. Она включает в себя полезную информацию об использовании UGENE, а также содержит ответы на популярные вопросы пользователей. Если вы хотите видеть новые выпуски первыми и в высоком High Definition качестве, просто подпишитесь на наш канал на YouTube или на RSS! Оставляйте комментарии к клипам на YouTube или пишите запросы на нашем форуме, чтобы мы ответили на ваш вопрос в видео-формате!
Ниже приведен список выпусков подкаста. Чтобы посмотреть описание заинтересовавшего вас выпуска, а также получить ссылку на видео на YouTube нажмите на соответствующую ссылку в списке. Описание выпуска также содержит ссылку для скачивания видео-файла. Для просмотра скаченного видео-файла может быть использован QuickTime Player и другие проигрыватели, поддерживающие MPEG4.
#37: Что нового в UGENE 1.10?
Новый релиз включает множество усовершенствований: новые модули, расширения функциональности, различные улучшения и исправления.Краткий список наиболее важных новвоведений и улучшений:
- Новые возможности инструмента для работы с данными секвенирования Assembly Browser:
- Добавлен новый виджет Coverage Graph для работы с данными секвенирования в Assembly Browser, отображающий точное покрытие последовательности в каждой позиции.
- Созданы дополнительные способы цветового кодирования коротких последовательностей: визуализация прямой/обратной цепей, парных ридов, и другие.
- Появилась возможность работы с последовательностями произвольного размера (> 2 Гб) на настольных компьютерах с ограниченным объемом памяти.
- Созданы элементы для маркировки и фильтрации последовательностей для дизайнера вычислительных схем.
- В визуализатор последовательностей добавлены графики DNA Flexibility и GC Frame Plot
- Встроены новые внешние инструменты:
- MrBayes – построение филогенетических деревьев.
- Burrows-Wheeler Aligner (BWA) – выравнивание коротких последовательностей (ридов) на референсную последовательность. В отличие от оригинального BWA, работает и для Windows.
- Также, начиная с этого релиза, UGENE будет распространяться в двух версиях – полной (Full) и стандартной (Standard). Полный пакет UGENE дополнительно содержит набор внешних инструментов и документацию в формате PDF.
#36: Просмотр данных секвенирования (BAM-файлов) с помощью UGENE Assembly Browser
Данное видео представляет собой введение в новый компонент UGENE Assembly Browser, позволяющий быстро просматривать NGS данные. Текущая версия поддерживает BAM и SAM форматы данных.#35: Основы работы с Дизайнером Запросов
Этот видеоматериал содержит основы работы с Дизайнером Запросов.
Узнайте, как с помощью Дизайнера Запросов совместить работу различных алгоритмов с целью поиска сложных шаблонов на последовательности.
#34: Что нового в UGENE 1.9?
Данный выпуск начинает новую серию видеоматериалов нашего подкаста и посвящён новой, свежей версии пакета UGENE. В этом видео вы найдёте обзор множества новых возможностей UGENE, включая такие важные, как:
- Поддержка возможностей клонирования "на компьютере" (компьютерное моделирование),
- Дизайнер Запросов: комплексный инструмент для анализа последовательностей,
- Новый текстовый формат и язык описания схем
- и многое другое.
В следующих выпусках все новые возможности будут подробно описаны.
Мы надеемся, что вам понравятся UGENE 1.9 и наши видеоматериалы!
#33: Поиск BLAST и операция FormatDB построения базы данных в UGENE
Поиск BLAST и построение пользовательской базы данных BLAST теперь можно выполнить в UGENE с помощью модуля Поддержки Внешних Инструментов. Посмотрев это видео, вы узнаете, как это сделать, и как использовать элемент „Локальный поиск BLAST“ Дизайнера Вычислительных Схем.#32: Что нового в UGENE 1.7.2?
Узнайте о новых возможностях и улучшениях UGENE 1.8, посмотрев это видео! При работе над UGENE версии 1.8.0, наша команда сконцентрировала свои силы на повышении стабильности и надёжности программного проекта, что вылилось в исправление более чем 100 проблемных случаев. Изменения:- Добавлена поддержка внешнего Blast: создание базы данных и поиск;
- Улучшены Дизайнер Вычислительных Схем и интерфейс командной строки UGENE;
- Добавлена поддержка нового формата: MEGA;
- Добавлена поддержка больших (более гигабайта) файлов в модуле Сборки Контигов;
- Введён программный интерфейс приложения для системы модулей (для использования разработчиками).
#31: Пользовательские скрипты в Дизайнере Вычислительных Схем
В этом видео зритель возвращается к инновационному Дизайнеру Вычислительных Схем UGENE. Некоторые параметры элементов могут быть вычислены в скрипте на основе значений входных параметров. Познакомьтесь с рабочим примером в этом видео!#30: Синтез олигонуклеотидов (праймеров) в UGENE
Данное видео содержит введение в синтез олигонуклеотидов в UGENE.#29: Что нового в UGENE 1.7.2?
Инструмент UGENE версии 1.7.2 позволяет:- использовать внешние инструменты прямо из UGENE,
- разрабатывать ваши собственные элементы в Дизайнере Вычислительных Схем,
- использовать улучшенный Dotplot,
- загружать руководство пользователя UGENE и использовать формат файлов NEXUS.
#28: Использование Dotplot для сравнения последовательностей
Dotplot позволяет графически сравнивать две биологические последовательности между собой, определяя области схожести. В этом видео вы найдёте пример сравнения последовательностей с помощью модуля Dotplot и анализ особенностей, найденных на построенном графике.#27: Поиск тандемов в последовательности ДНК
UGENE предоставляет быстрый и экономный к памяти способ поиска тандемных повторов. Вы можете использовать его для определения родства или для других задач.#26: Использование закладок для сохранения и восстановления состояния элементов UGENE
В UGENE вы можете сохранять и восстанавливать состояния объектов, используя механизм закладок. В данном выпуске мы сохраним и загрузим состояния представлений объектов, содержащихся в файле PDB.#25: Что нового в UGENE 1.7.1?
Мы рады представить вам следующее видео из серии „Что нового в UGENE?", посвящённое выходу ноовго UGENE версии 1.7.1!Добавленные возможности:
- Модуль Dotplot для визуализации и сравнения последовательностей
- Улучшенный анализ хроматограмм
- Поддержка файловых форматов SAM и «показатели качества ДНК Phred»
- Новые схемы для модуля Сборки Контигов в Дизайнере Вычислительных Схем, новые консольные команды и опции
- Пакетная обработка для весовых матриц
- Улучшенный поиск Сайтов Рестрикции (включая опцию „круговая последовательность“)
- Оптимизация алгоритма Смита-Ватермана при использовании графических процессоров
#24: SITECON: Поиск ССТФ и создание профайлов выравниваний ССТФ
Модуль UGENE SITECON представляет собой программный пакет для поиска потенциальных сайтов связывания транскрипционных факторов (ССТФ). Пакет разработан в Институте Цитологии и Генетики СО РАН.В данном видео показано как использовать SITECON для поиска ССТФ в последовательности ДНК и как создавать собственные профайлы ССТФ для использования в дальнейших поисках.
